南山大学のすべての学生が履修する共通教育科目は、「宗教科目」、「人間の尊厳科目」、「外国語科目」、「テーマ科目」、「体育科目」、「分野科目」、「インターンシップ科目」、「情報科目」（名古屋キャンパス）、「アカデミックリテラシー科目」（瀬戸キャンパス）によって構成しています。これらの科目の履修を通じて、本学の教育モットーである「人間の尊厳のために」を大切にする精神を涵養します。

「宗教科目」では、宗教全般に対する知識を身につけることにより、キリスト教についての理解を深めます。「人間の尊厳科目」では、人間と社会、思想、文化などの関わりについて学び、「人間の尊厳」について考察します。「外国語科目」では、英語をはじめ、スペイン語、ポルトガル語、フランス語、ドイツ語、中国語、韓国朝鮮語、インドネシア語、ラテン語、ギリシア語、日本語（留学生向け）など、さまざまな言語を学科の定める単位数に応じて学び、基礎を身につけるとともに言語の背景に広がるさまざまな文化に触れることもできます。「テーマ科目」では、「異文化との出会い」、「生命と環境」、「知識・言語と情報社会」、「モダンの系譜」の4テーマから自らの関心に基づいて科目を選択し、現代の諸問題を掘り下げて学びます。「異文化との出会い」では、特定の地域や民族の文化について、その独自性や普遍性が理解できるように、空間的広がりや時間的変化のなかでそうした文化をとらえます。「生命と環境」では、人間を含む各種の生命体とそれらを取り巻く自然環境や物質環境をめぐる問題にアプローチします。「知識・言語と情報社会」では、情報社会を生きる人間の営みを、言語やメディア、インターネット、人工知能などを手がかりとして考えます。「モダンの系譜」では、現代を知り、未来を模索するうえで重要な近代について、その時代やパラダイムを振り返って学びます。「体育科目」では、身体活動を通じて健康と体力、生涯スポーツなどについての正しい認識が得られます。

また、瀬戸キャンパスの2学部では、コンピュータの基礎知識やレポートの作成法を身につけるために「アカデミックリテラシー科目」を履修します。

この他、学生の皆さんの知的好奇心を満たし、また将来の展望を拓きたいという希望に応えるために、選択科目として、人文科学・社会科学・自然科学の幅広い分野について学べる「分野科目」や、「インターンシップ科目」、「情報科目」を開講しています。